Michiru Kita est une fille qui possède les yeux Shinigami, qui lui permettent de voir un cercle autour des cous des personnes qui vont bientôt mourir. Les cercles sont gris au départ mais plus la mort se rapproche plus ils deviennent noir. Chika Akatsuki...

Itsuka Shido est un lycéen normal. Le dernier jour des vacances de printemps, la ville est détruite par un tremblement d'espace, et une fille en armure apparaît devant lui. Cette jeune fille est un esprit, que Shido nomme « Tohka ». Elle est réapparue...